A ferrovia deveria ser construída na bitola mais estreita de todas, de 60 centímetros. O projeto original previa uma bifurcação logo após o quilômetro 15, depois de transpor o Rio Juqueri. Por um lado, seguiria o rio até atingir o Gato Preto; por outro, seguiria para o reservatório de Parnaíba, onde se entroncaria com outra estrada de ferro, então em estudos, que ligaria Cananéia ao Rio Paranapanema. Em seguida, deveria atingir Pirapora. Portanto, Parnaíba deveria ser um entroncamento de duas ferrovias, o que certamente traria um desenvolvimento muito grande à cidade.
Em 1913, os prazos foram alterados, fazendo que o trecho prioritário, até o quilômetro 16, fosse construído até uma estação chamada Entroncamento, seguindo dali a Parnaíba e, depois, nos 30 meses seguintes, até Pirapora. Em 1914, esse trecho foi aberto ao público. O trecho desde a bifurcação no quilômetro 15,5 até o Gato Preto, hoje Cajamar, foi construído sem a autorização prévia do Governo e seria considerado um desvio de pouco mais de cinco quilômetros.
Poucos anos mais tarde, houve outro desvio. A partir da localidade de Campos, seria construído um trecho de três quilômetros que atingiria as minas de calcário na entrada da Vila de Água Fria, hoje Cajamar. Mais um desvio de dois quilômetros que, saindo deste último, seguia para o bairro dos Pires. Esses eram os trechos que realmente interessavam aos proprietários da ferrovia.
A linha a partir do Entroncamento, por sua vez, foi sendo postergada. Em 1915, a Estrada Cananéia–Paranapanema teve a concessão cancelada. Em 1924, a ferrovia já era chamada apenas de Estrada de Ferro Perus – Pirapora, pois as duas empresas foram separadas: a da exploração de calcário e a da ferrovia. Em 1926, a empresa canadense Companhia Brasileira de Cimento Portland iniciou as suas atividades ao lado da estação de Perus, na São Paulo Railway, trazendo calcário de Gato Preto e vendendo quase toda a sua produção para a Light and Power.
Na mesma época, foi aberta uma pedreira em Água Fria, junto aos trilhos da ferrovia. Em função dos estudos efetuados, a extração de minério foi estabelecida em Água Fria. A linha Perus – Entroncamento era a única que podia transportarpassageiros de forma pública, pois tinha a concessão, utilizando sempre trens mistos que levavam meia hora para percorrer 16 quilômetros. Para desilusão de Parnaíba, a linha jamais passou dali, nunca chegou à cidade e nem a Pirapora. Em 1936, a Perus – Pirapora desistiu da concessão para a continuação da linha até o destino final, mas o nome permaneceu.
Em 1951, a família Abdalla comprou a ferrovia e a fábrica de cimento, que passou a chamar-se Companhia Brasileira de Cimento Portland-Perus. Dez anos depois, a ferrovia já era a única do Brasil com essa bitola de 60 centímetros e passou a adquirir material de todas as ferrovias que tinham a mesma medida e estavam fechando: Usina Monte Alegre de Piracicaba, E. F. Dumont de Ribeirão Preto, ramais de Santa Rita e Descalvadense, da Cia. Paulista, e também da Cantareira, da Capital.
O transporte de passageiros continuou até 1971, quando foi desativado, permanecendo apenas os trens para transporte de minério. A Companhia Brasileira de Cimento Portland-Perus operou até 1974, quando, devido a problemas financeiros, o governo alienou o acervo aos bens da União. Em 1981, o grupo readquiriu o complexo todo, mas a falta de modernização da fábrica e a conseqüente poluição provocada acabaram por forçar, em 1983, o fechamento da ferrovia, tombada alguns anos depois pelo Conselho de Defesa do Patrimônio Histórico, Arqueológico, Artístico e Turístico (Condephaat), da Secretaria Estadual de Cultura de São Paulo. Depois dos desmembramentos e anexações territoriais de 1934 e de 1959, a ferrovia que ficava quase toda em Parnaíba, passou parte para São Paulo e parte para Cajamar.
A Estação de Água Fria foi aberta por volta de 1925, com a fundação da Portland-Perus. Não era bem uma estação, visto que era linha desde o Entroncamento e depois considerada um desvio industrial para o transporte dos funcionários da empresa, que usava como matéria-prima o calcário de Água Fria. Para transportar o calcário, abriu-se um ramal que saía entre as estações de Campos e de Rocha. A fábrica passou a ser propriedade da família Abdalla a partir de 1951. O trem de passageiros ia até Cajamar, nome que substituiu o de Água Fria.
O pátio, a mineração e a estação ficavam na entrada de Cajamar, pela estrada de rodagem que liga o quilômetro 34 da Via Anhanguera à cidade. O pátio foi desativado com a ferrovia, em janeiro de 1983.
Mesmo com características de ferrovia industrial, a Estrada de Ferro Perus – Pirapora também levava os moradores das vilas de Gato Preto e Água Fria ao posto de saúde, às lojas e aos mercados de Perus. Todos eram acomodados no famoso vagão apelidado de “M”, devido ao fato de ser misto, já que transportava pessoas, sacos de pão e de cimento etc. Os moradores também se serviam da via férrea São Paulo Railway, hoje Santos – Jundiaí, para ir a outras localidades. Diversos relatos nos informam que andar de Maria Fumaça na época era bem complicado! Muitos dizem que as faíscas das brasas queimavam a roupa, sendo necessário o uso de uma proteção para se chegar ao destino com a roupa inteira e limpa.
Futuro
Atualmente, com o objetivo de preservar esse patrimônio histórico-cultural, a comunidade está empenhada em concretizar dois projetos: transformar em centro cultural a desativada Fábrica de Cimento Perus, atualmente propriedade de um sobrinho de J.J. Abdalla, e reativar a linha de trem Perus–Pirapora para fins turísticos.
O trabalho de uma ONG local – o Instituto de Ferrovias e Preservação do Patrimônio Cultural –, criada para capitanear parceiros para o segundo projeto, começa a mostrar resultados: o primeiro dos 16 quilômetros da estrada já foi revitalizado, assim como a locomotiva francesa Decauville 8, uma das 21 que operavam na linha. Tais ações contam com a participação de parceiros como a Natura, a Care e a CPTM.
A Perus – Pirapora tem grande importância para o Estado de São Paulo e até para o Brasil, pois é hoje a única estrada de ferro do País com bitola estreita (60 centímetros) ainda intacta, e com um acervo de locomotivas bastante diversificado, possuindo exemplares ingleses, franceses, alemães e canadenses, de acordo com relato do sr. Nelson Bueno de Camargo, presidente do Instituto. Essa estrada de ferro é tida como a única remanescentedas ferrovias econômicas. O acervo é composto de material rodante, linhas férreas, oficinas, equipamentos de apoio e outras instalações.